Практикум 3

Главная страница

Задание 1

Файлы создавались командой (пример для файла gatc-a.pdb):
fiber -seq=gatc -rep=5 -a gatc-a.pdb
Двойная спираль ДНК в A форме(формат PDB)
Двойная спираль ДНК в B форме(формат PDB)
Двойная спираль ДНК в Z форме(формат PDB)

Задание 2

Поиск бороздок в А-форме ДНК(3v9d) в цитозине 9:B.

Рис 1. Цитозин.Синим показаны атомы находящиеся в малой бороздке, красным в большой , черным атомы, которые сложно определить к той или иной бороздке.

Распределим атомы из остатка 9:B по бороздкам. В сторону мало бороздки "смотрят": N1, O2, C2
В сторону большой бороздки: C4, C5, C6, N4

Работа производится с файлами полученными в Задании 1. Для анализа используется модуль на Питон 3 nglview.

	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали (Å)	28.03	33.75	43.5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки Å	7.98 [DC]12:A.P	17.76 [DT]15:A.P	11.58 [DC]4:A.P
Ширина малой бороздки Å	12.40 [DC]8:A.P	11.69 [DC]32:B.P	11.58 [DC]12:A.P

Задание 3

Я работаю со структурой 1f7u(меня нет в списках выдачи, и Вы сказали взять самое верхнее)

Стебли:
901-907 и 966-972
949-953 и 961-965
939-944 и 926-931
910-913 и 922-925
Неканонические взаимодействия:
901-972
905-968
954-958
955-917
943-927
944-926
913-922
914-908
915-948
Дополнительные водородные связи, стабилизирующие тРНК(т.е. которые вне стеблей):
954-958
955-917
914-908
915-948
918-956

Рис 2.Пример неканонического взаимодействия(пара 954-958)